원고(재개발조합)가 정비사업의 시행으로 신설된 정비기반시설의 취득이 지방세법 제9조 제2항 본문에 따라 취득세 비과세대상이라는 이유로 취득세 환급을 구하는 경정청구를 하자 피고(구청장)가 이를 거부한 사안에서, 원고는 신설 정비기반시설을 원시취득하여 취득세 납세의무를 부담하고, 용도폐지 정비기반시설의 양도는 신설 정비기반시설 귀속의 반대급부로서 지방세법 제9조 제2항 단서 제2호에 따라 취득세 과세대상이라는 이유로, 피고의 경정거부처분이 적법하다고 본 사례(서울행정법원 2024구합85106 판결)
서울행정법원 2026. 4. 16. 선고 2024구합85106 판결 (취득세 등 경정거부처분취소)
2026. 4. 28. 항소(서울고등법원 2026누4117)
【기초사실】
1) 이 사건 정비 사업의 시행으로, 합계 19,493.1㎡의 국가 또는 지방자치단체 소유의 정비기반시설이 용도폐지되고(이하 ‘이 사건 용도폐지 정비기반시설’이라 한다), 합계 32,157.4㎡의 정비기반시설이 새로 설치되었다(이하 ‘이 사건 신설 정비기반시설’이라 한다).
2) 성북구(이하 편의상 피고와 구분하지 않고 ‘피고’라 한다)는 2022. 5. 23. 이 사건 신설 정비기반시설에 관하여 소유권보존등기를 마쳤다.
3) 원고 조합은 2022. 3. 23. 피고에게, 원고가 이 사건 신설 정비기반시설(면적 32,157.40㎡)을 원시취득하였음을 전제로 과세표준(144,882,104,481원)과 세율(원시취득 세율 28/1000)을 적용하되, 구 지방세특례제한법(2018. 12. 24. 법률 제16041호로 개정 되기 전의 것) 제73조의2 제1항(기부채납용 부동산 등에 대한 감면),1) 제177조의2 제1항 본문(지방세 감면 특례의 제한)에 따라 감면율을 100분의 85로 하여, 취득세 608,504,830원 및 지방교육세 34,771,700원 합계 643,276,530원을 신고ㆍ납부하였다.
4) 원고는 2023. 6. 8. 피고에게, 이 사건 신설 정비기반시설의 취득이 지방세법 제9조 제2항 본문에 따라 취득세 비과세대상이라는 이유로 납부한 취득세 등의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.
5) 피고는 2023. 8. 2. ‘원고가 이 사건 용도폐지 정비기반시설을 무상으로 양도받았으므로, 이 사건 신설 정비기반시설은 지방세법 제9조 제2항 단서 제2호가 적용되어 취득세 비과세대상이 아니다’는 이유로 원고의 경정청구를 거부하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
【판시사항】
재개발조합이 정비사업의 시행으로 신설된 정비기반시설의 취득이 지방세법 제9조 제2항 본문에 따라 취득세 비과세대상이라는 이유로 취득세 환급을 구하는 경정청구를 하자 구청장이 이를 거부한 사안에서, 조합은 신설 정비기반시설을 원시취득하여 취득세 납세의무를 부담하고, 용도폐지 정비기반시설의 양도는 신설 정비기반시설 귀속의 반대급부로서 지방세법 제9조 제2항 단서 제2호에 따라 취득세 과세대상이라는 이유로, 경정거부처분이 적법하다고 본 사례
【판결요지】
1) 가) 원고 조합은 재개발정비사업의 사업시행자로서, 사업시행계획에 따라 설치비용을 부담하여 이 사건 신설 정비기반시설 설치 공사를 마쳤다. 원고는 이 사건 신설 정비기반시설의 준공 당시 이 사건 신설 정비기반시설을 건축함으로써 이를 원시취득하였다. 원고의 이 사건 신설 정비기반시설 준공은 지방세법 제6조 제1호의 취득에 해당하고, 등기에 상관없이 그 물건의 사실상 소유자인 원고가 지방세법 제7조 제2항에 따른 납세 의무자이다(원고 역시 이 사건 신설 정비기반시설의 원시취득을 전제로 취득세 신고를 마쳤다).
나) 도시정비법 제97조 제2항은 행정재산인 기존 정비기반시설을 용도폐지 후 사업시행자에게 양도하고, 신설 정비기반시설을 관리청에게 귀속하는 일련의 과정을, 준공인가통지가 이루어지는 시점에 법률 규정에 의하여 민법 제187조에 따른 물권변동 효과가 발생하도록 함으로써 행정사무 처리의 효율화를 도모하기 위한 것이다. 지방세법상 ‘취득’은 사실상 취득을 포함하는 개념으로 과세대상 여부는 지방세법에 따라 결정된다. 도시정비법 제97조 제2항 본문을 근거로 과세대상인 원고의 이 사건 신설 정비기반시설의 사실상 취득을 부인할 수 없다.
2) 가) 지방세법 제9조 제2항 본문은 ‘국가 등에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산 및 사회기반시설에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다’고 규정하고 있다. 이는 국가 등에 귀속을 조건으로 부동산을 취득하고 그에 관한 등기를 하는 것은 부동산을 국가 등에 귀속시키기 위한 잠정적이고 일시적인 조치에 불과하므로 국가 등이 직접 부동산을 취득하고 그에 관한 등기를 하는 경우와 동일하게 평가할 수 있다고 보아 그 경우 취득세 및 등록세를 비과세하는 취지이다(대법원 2011. 7. 28. 선고 2010두6977 판결 등 참조). 그런데 ‘국가 등에 귀속 등의 반대급부로 국가 등이 소유 하고 있는 부동산 및 사회기반시설을 무상으로 양여받는 경우’는 위와 같은 입법 취지에 반하므로 2015. 12. 29. 법률 제13636호 개정을 통하여 비과세 대상에서 제외되는 지방세법 제9조 제2항 단서 제2호가 추가되었다. 즉 지방세법 제9조 제2항 단서 제2호에 따라, 국가 등에 귀속 등의 반대급부로 국가 등이 소유하고 있는 부동산 및 사회기반시설을 무상으로 양여받는 경우에는 국가 등에 귀속을 조건으로 취득하는 부동산에 대해서도 취득세가 부과된다.
나) 도시정비법 제97조 제2항 후단 규정은, 민간 사업시행자에 의해 새로 설치된 정비기반시설이 전단 규정에 따라 관리청에 무상으로 귀속됨으로 인해 야기되는 사업시행자의 재산상 손실을 고려하여, 그 사업시행자가 새로 설치한 정비기반시설의 설치비용에 상당하는 범위 안에서 정비사업의 시행으로 용도가 폐지되는 국가 또는 지방자 치단체 소유의 정비기반시설을 그 사업시행자에게 무상으로 양도되도록 하여 위와 같은 재산상의 손실을 합리적인 범위 안에서 보전해 주고자 하는데 그 입법 취지가 있다(대법원 2007. 4. 13. 선고 2006두11149 판결 등 참조).
도시정비법 제97조 제2항 후단은 ‘무상 양도’라고 표현하고 있지만, 용도폐지 정비기반시설의 양도에 관한 도시정비법 제97조 제2항 후단 규정은 전단 규정의 적용을 전제로 ‘신설 정비기반시설’의 설치비용 보전을 위해 받는 것이다(만일 새로 설치하는 정비기반시설이 없다면 도시정비법 제97조 제2항 후단 규정이 적용될 여지도 없다).
도시정비법 제97조 제2항 후단 규정의 입법 취지, 도시정비법 제97조 제2항 후단 규정이 전단 규정을 전제로 하는 점 등을 고려하면, 이 사건 용도폐지 정비기반시설의 양도는 지방세법 제9조 제2항 단서 제2호에서 정한 이 사건 신설 정비기반시설 귀속의 반대급부로 양도받는 것에 해당한다. 원고의 이 사건 신설 정비기반시설 취득은, 지방세법 제9조 제2항 단서 제2호에 따라 취득세 과세대상이다.
※ 지방세법
제9조(비과세) ② 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합(이하 이 항에서 “국가등”이라 한다)에 귀속 또는 기부채납(「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제4조제3호에 따른 방식으로 귀속되는 경우를 포함한다. 이하 이 항에서 “귀속등”이라 한다)을 조건으로 취득하는 부동산 및 「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제2조제1호 각 목에 해당하는 사회기반시설에 대해서는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 취득세를 부과한다. <개정 2010. 12. 27., 2015. 7. 24., 2015. 12. 29.>
1. 〈생략〉
2. 국가등에 귀속등의 반대급부로 국가등이 소유하고 있는 부동산 및 사회기반시설을 무상으로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 경우
도시정비법
제97조(정비기반시설 및 토지 등의 귀속) ② 시장ㆍ군수등 또는 토지주택공사등이 아닌 사업시행자가 정비사업의 시행으로 새로 설치한 정비기반시설은 그 시설을 관리할 국가 또는 지방자치단체에 무상으로 귀속되고, 정비사업의 시행으로 용도가 폐지되는 국가 또는 지방자치단체 소유의 정비기반시설은 사업시행자가 새로 설치한 정비기반시설의 설치비용에 상당하는 범위에서 그에게 무상으로 양도된다.
⑤ 사업시행자는 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 관리청에 귀속될 정비기반시설과 사업시행자에게 귀속 또는 양도될 재산의 종류와 세목을 정비사업의 준공 전에 관리청에 통지하여야 하며, 해당 정비기반시설은 그 정비사업이 준공인가되어 관리청에 준공인가통지를 한 때에 국가 또는 지방자치단체에 귀속되거나 사업시행자에게 귀속 또는 양도된 것으로 본다.
